所著《龙飞纪略》详细记载了南洋西洋各国的土产风物，主张开海禁，通海贸！出版之后，吴朴便因妄言海禁，锒铛入狱了。

他却在狱中又愤而写就了不朽的《渡海方程》！此书是对郑和下西洋的针路，和民间诸多远洋水路簿的完备整理，可为出海者准确的针路、海图，至今闽粤海商人手半本。

之所以是半本，因为全书分‘经’、‘图’两部分。海商们为了省钱，抛弃了前半部分，只将‘图’雕版付梓，是为《海道针经》也。大海主们没文化，又将其讹传为《海盗真经》，当成远洋航行的头号法宝。

但海商、海盗、海主们却不知道，被他们弃若敝履的‘经’卷，其实才凝聚了吴生最光辉思想的真经！

在‘经略篇’中，吴朴非但要求朝廷放开民间的航海事业。还明确提出，希望大明一如百年前的郑和下西洋，成立舰队巡航东北至鸭绿江口，西南至波斯湾的万里海疆！将佛郎机、奥斯曼人的势力撵出大明的天下！

并效仿当年郑和设立旧港宣慰司故事，在这万里海疆的若干关键节点上，设立数个都护府和市舶司进行管理和贸易。

他还说，如果朝廷暂时无力南顾，可以将民间的海上力量合法化，利用他们驱赶日益嚣张的佛郎机人。

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