魏允贞，字懋忠，号见泉，大名府南乐县人，进士，与其弟允中、允孚并称“南乐三魏”，历任许州判官、右通政、右佥都御史、山西巡抚、兵部右侍郎等职。

魏允贞，中进士，授职荆州推官，大学士张居正回家安葬，群吏争先恐后赶去，只有魏允贞一个人没有去，而且还鞭打想要劝说他去吊唁的仆人。

魏允贞因为功绩卓越被升为御史，吏部尚书梁梦龙被罢官后，魏允贞上书：“吏部的官职很重要，过去任命吏部官员，都在会同推荐选任之前，所以有关官吏都受到当政之人和司礼中官的影响，任用了一些不适合的官员。”皇帝接受了他的意见，特地任用清明的官员，朝廷内外感到信服。

魏允贞上疏陈明有关时弊的四事：“自从张居正窃取权柄，吏、兵二部升迁、授职须先报告他，所以任用的都是与张居正有私交的人。陛下应当与辅臣好好考察吏、兵两部的负责人，让他们有自己管辖的事宜。使辅臣不要侵犯部臣的权力而谋取私利，部臣也不能乘辅臣的空隙自行其私，这样官风自会整肃。此外，自从与俺答互市以后，边备松弛。三军的月饷，克扣一半以充市场赏赐，又克扣另一半给达官要人，士兵没有隔夜的粮食，怎么能抵御边寇呢？来自辽东的战功，更是到了令人惊异的程度。军队的声誉日益振奋，而人口天天比过去有所减少。奏报失实，升迁出格，赏罚无章，何以能卫国？”奏疏上传后，皇上采纳了魏允贞的意见并把它下发到都察院。

张居正担任首辅时期，对其子有私心，其他辅臣吕调阳儿子吕兴周，张四维儿子张泰征、张甲征，申行时儿子申用懋，都相继举进士。甲征、用懋即将廷试，魏允贞的上疏刚好送上，张四维大怒，说：“臣在政府做事，没有什么不应当听说的。因为前人行私，就不让臣过问吏、兵二部事，这不是制度。”因而为他儿子辩诬，而且乞求告老回乡。申时行也上疏争辩，皇上一同安慰挽留，责备魏允贞言词过当，户部员外郎李三才上奏认为魏允贞是对的，他俩一同被贬官调出京城。魏允贞得到许州判官，给事中、御史周邦杰、赵卿等上疏申说救助，皇上一概不予接纳。魏允贞虽然被贬，但从此辅臣当权时，其子没有再登进士的，过了很久，逐级升到右通政使。

魏允贞以右佥都御史巡抚山西。因为山西地瘠民贫，力主裁减幕府的每岁上供和州县的冗费，用这样节约的万余银钱修治亭障，修建烽火台，购置器具、马匹以换取粮食。又上奏请求免除平阳站每岁的定额银八万，用山西省邮传节余的费用来补充，雁门、平定军因为逃避屯田粮税而逃跑，魏允贞上奏免除两军的地租，下令恢复开垦。岢岚互市，省抚赏给银钱六万。汾州有两个郡王，管理人员与军民杂处，知州职位太低不能制服，魏允贞奏请改为府。自从互市后，边政废弛，魏允贞看到了要害，修筑边墙万余丈，声名大振，皇上数次嘉奖他的才能。

下诏让宦官张忠在山西采矿，魏允贞上疏极力主张不可，皇上没有答复他。不久，西河王知燧请求开凿解州、安邑、绛县的矿产，以仪宾督促有关事宜，指挥王守信请求开凿平定、稷山各矿山，皇帝都批复同意。魏允贞恐怕老百姓受到更多的干扰，请求命令让张忠一个人管理，皇上也不同意。

三殿受灾，皇上下诏恳求大臣讲实话，魏允贞认为过错在于辅臣，历数赵志皋、张位的罪行。并且说：“这二个人在二月加了恩宠，过了一个月两宫发生灾乱。今年又加恩，三殿又受灾，天意啊！”张位极力为自己辩解，请求罢官。皇上安慰，予以挽留，责备魏允贞是边臣不当议论朝政，因为屡被推举不被任用，遂放肆乱言，被停发俸禄五个月。不久，魏允贞上疏推举被人忽视的贤明人士，请召回王家屏、陈有年、沈鲤、李世达、王汝训和小官史孟麟、张栋、万国钦、马经纶、顾宪成、赵南星、邹元标