其它大多数城池和河西四十七堡地方均被蹂躏，朝廷急命兵部尚书、总督魏学曾驰赴宁夏统一指挥征讨诸军，并升陕西副使朱正色为宁夏巡抚，升协守洮岷副总兵董一奎为宁夏镇总兵官。又破格提拔萧如薰为宁夏副总兵，暂管总兵事，与总督魏学曾共同办理宁夏平叛事宜，增调宣大兵六七千人星夜驰援宁夏，还命陕西巡抚沈思孝率部移驻下马关，作为声援，再特命御史梅国桢速赴前敌担任监军。

与此同时，朝廷又高悬赏格：“斩承恩头，许以侯伯延世”，有能擒献哱贼，“与世封”，“有能擒献哱拜父子，赏银二万，封龙虎将军；擒献刘东旸、许朝、土文秀，赏银一万两，封都指挥使”。皇帝还赐魏学曾尚方宝剑，享受“斩临阵不用命者，以肃军法”的特权，但是官军进展仍然缓慢，三个月后，才肃清宁夏镇外围，开始围攻镇城。此时，有人建议水淹镇城，而魏学曾之所以不采用水淹镇城和武力强攻的办法，是不忍心看到城中三十万无辜的生命财产受到重大损失，所以千方百计想以招抚和离间的办法，促使城中叛军觉悟，自行从内部解决。

魏学曾先后派叶得新入城，招谕刘东旸、许朝，想让他们杀哱家父子，主动赎罪立功；又派宁夏原总兵官张杰入城与哱拜叙旧，劝哱拜杀刘、许自新；还与城中百户姚钦、武生张遐龄等约为内应，但都没有成功。后来才不得已于八月决堤放水，淹灌宁夏镇城。叛军也加堤反水淹官军，故始终未能攻下宁夏镇城。

在久攻不下的情况下，朝廷认为前敌大将师老无功，便下令撤换了三军总督魏学曾，改以叶梦熊总统三珲，萧如熏总兵宁夏，调名将宁远伯李成梁之子李如松为提督陕西讨逆军务总兵官，统一指挥新增派的山西、辽东、浙江兵和南方苗兵，配合督抚各军通力合围宁镇。另一方面，边外着力兔、庄秃赖和十失兔各蒙部内犯援兵，也被总兵李如松、马孔英、杜桐等将分别击溃，大局已定。各路大军联合会攻宁城，哱拜自出北门，想逃往蒙部，当即被游兵谢贵赶回城中，哱刘叛军困守城镇，粮草告尽，内部矛盾冲突不断，内外交困，已成瓮中之鳖。

官军再次放水淹城，虽然水攻没有达到预想的目的，但却使得城中叛军人人自危，丧失了斗志，并彼此猜疑，互相残杀。先是刘东旸杀死哱拜部将土文秀，哱承恩又派人离间许朝和刘东旸，两人被杀。哱承恩为了保全哱家的生命和地位，便将刘东旸、许朝和土文秀三人头颅悬挂于城头请降，官军最后发动总攻，哱承恩见势不妙，率所部冲出南门，被围城官军杨文登生擒，大军一举攻进城中，李如松、李如章兄弟直扑哱拜第，将其包围，并用火攻，叛兵死伤过半。

哱拜见大势已进趣，在家中上吊自焚身死，皇帝亲登皇极门朝百官，举行宁夏大捷庆礼和献俘仪式，命磔哱承恩、何应时、陈雷、白鸾、冯继武，斩哱承宠、哱洪大、王文德，各枭示九边。

史事讲将1三国明