周起元，字仲先，号绵贞，福建海澄人。御史任上，上疏力斥诋毁东林故，谪为广西参议。以右佥都御史巡抚苏松十府，指控织造太监李实贪恣不法，又为苏州同知杨姜辨冤，遭魏忠贤恨，被诬为乾没帑金十万两，逮入狱中，拷掠至死。与同为阉党所害的高攀龙、缪昌期、周顺昌、周宗建、黄尊素、李应升并称“后七君子”。

周起元，乡试第一，翌年中进士，授江西浮梁知县。值豪强阴谋吞书院，起元执法，坚决抵制，终于保住书院，历知浮梁、南昌，以廉惠着称。周起元选授御史赴京待命，拟任湖广道御史，时值朝廷考核京官，这是关系官员升迁降黜的大事，是党争的焦点。御史刘国缙怀疑郑继芳的假信出自周起元、李邦华、李炳恭、徐缙芳、徐良彦的手笔，于是称他们为“五鬼”，郑继芳也被列入奏疏中，周起元愤怒了，上疏自我表白，滞留两年才得任命。

周起元受命湖广御史，即奉敕分巡湖广道漕运，他沿江巡视、踏勘、组织民工疏浚河道，维修漕运各种设施。恰巧太仆少卿徐兆魁因为攻击东林党人被钱春弹劾，周起元也上疏弹劾他，奸诈小人刘世学这人，是诚意伯刘荩臣的堂祖父，上疏诋毁顾宪成。周起元很气愤，极力驳斥他的荒谬，刘荩臣于是攻击周起元，更加诋毁顾宪成。周起元再次上疏极力辩论，他的同僚翟凤翀、余懋衡、徐良彦、魏云中、李邦华、王时熙、潘之祥也轮流逐条辩论。皇帝将要下令逮捕刘世学，刘世学于是逃走了。

告假家居的原国子祭酒方从哲，不经廷议由中旨起官为吏值京周起元正察之际来京，无端被卷入党争旋涡，滞留两年才得任命部左侍郎。依明制高级官员的任命，须经内阁大臣协议而后才由朝廷下旨，周起元以为方从哲起官有违“祖训”，且其为人“性柔懦，不能任大事”，上疏反对。因此，得罪了联成一气支持方从哲的齐、楚、浙诸党。吏部尚书赵焕按年例调御史孙振基、王时熙、魏云中为外官，均未经都察院协议，周起元又参与上疏反对，结果获扣除薪俸之处分。

不久，周起元奉命巡按陕西，随即调为广西参议，分守右江道。周起元治粤西，遵循理学大师周敦颐治南安、陆九渊治荆门的办法，以“尊重德性”为上。时柳州灾荒，百姓纷纷聚众抢粮闹事，地方官以为盗贼蜂起，力主镇压，周起元采取安抚、赈灾的办法，终于平息了骚乱。因治粤西政绩，升迁为四川副使，尚未起任，辽阳被清兵攻破，前方告急，又改任通州参政。

刑部侍郎邹元标和左都御史冯从吾创办‘首善书院’，其目的是传播濂洛之学，改变士俗。周起元既回京，也时常造访书院，但由于书院传播道学，且时常指摘朝政，所以忌恨者也不少。时兵科给事中朱童蒙便上疏请求禁止，并诋毁。周起元便起而上疏为书院辩解，为邹元标抗争，由于书院得到人们的拥护和邹元标正直的威望，朱童蒙失败，被贬为苏松分守参政。

巡抚苏松十府，是时大水泛滥，起元上疏请浚江河，但朝廷不许，时吴中税监李实素贪横，起元上《去蠹七事疏》，弹劾李实，有人提醒他：“不虑祸不测耶？”他说：“祸福之来，天也；君子不计，所计者是非耳！”前因攻击首善书院而外迁，苏松为分守参政的朱童蒙，恰也在周起元巡按域内。朱童蒙离开京师更加骄横，“每行道辄鞭挞数十人，血肉狼藉”。又曾非法击毙漕卒，吴民恨之入骨。周起元得到吴民控诉，勃然大怒，说：“天子命我抚民察吏，可坐视此等虐吾民耶？”于是，上疏弹劾，结果朱童蒙投奔魏忠贤门下，调回京师为太常寺卿，而周起元却削职为民，当周起元打点行装归里时，“吴人老少皆随送，涕哭声塞市”。

魏忠贤欲杀高攀龙、周顺昌、缪昌期、黄尊素、李应升、周宗建六人，取实空印疏，令其党李永贞、李朝钦诬起元为巡抚时乾没帑金十余万，日与攀龙辈