队执行朝廷的计划，同时就参谋军务总署等的计划有不同意之处，可以直接以密疏的形式向朱载坖反映，朱载坖下诏命令西域各兵团要忠实执行参谋军务总署的筹划，各部和衷共济，务求必克。

这次参谋军务总署的计划，取消了所有的战术筹划，将战术谋划的权力完全下放给了各兵团的参谋司，由各兵团统帅负责具体的战术执行，参谋军务总署只在战役层面上规定了各兵团的任务和各兵团协同作战的相关事项，这点朱载坖还是很满意的，参谋军务总署必须首先明确自己的作用，才能够领导各兵团、各镇的参谋司运作，将战术指挥和战役指挥分开，也是加强朝廷对于官军控制的重要手段。

各兵团之间有相互的防区，同时即便是统帅，其决策也要受到参谋司的制约，参谋司可以直接向参谋军务总署汇报相关情况，并且向统帅提出建议，一旦发现有异动情形，参谋司可以立即向参谋军务总署奏报，同时知会驻各兵团的锦衣亲军和宪兵都司校尉，同时各兵团的统帅仍旧是军事主官，独立行使指挥权，参谋司也要在其领导之下运作。

在朝廷的命令下达后，西域的战事也愈演愈烈了，大明和卫拉特四部的谈判进展仍旧不大，这使得朱载坖失去了耐心，明确指令襄国公李成梁加大对于卫拉特部打击力度，同时从伊犁河谷威胁阿克苏，增加朝廷对于叶尔羌的压力，而在交河，率先和叶尔羌主力接战的是交河前卫的官军。

在官军从夏尔沟堡撤守之后，就一直在加强阿拉沟口的防御，以应对叶尔羌人的进攻，叶尔羌人穿越百里的阿拉沟用了两天时间，主要是官军埋设的地雷和铁蒺藜等迟滞了叶尔羌军队的脚步。

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