对于卫拉特四部，朱载坖采取了拉打结合的措施，一方面命令李成梁对于卫拉特部中坚决反对向大明媾和的准噶尔部，要坚决予以打击，削弱准噶尔部的力量，同时向卫拉特部展示大明的实力，另一方向对于和硕特部，则在土默特部的帮助下予以拉拢。

朱载坖承诺在达成封贡之后，大明皇帝亲自册封和硕特部首领为卫拉特部首领，赐爵郡王，仅次于顺义王，顺义王虽然也是郡王，但是赏亲王服色，是大明在蒙古的重要代言人，也是大明控制蒙古的主要手段，而卫拉特部在归顺之后，大明在科布多等地设立卫所，派驻办事大臣，同时和卫拉特部开展贸易，帮助卫拉特部解决各种所必须的物资，同时对于卫拉特部的各级首领，也都要予以册封。

当然除了这些好处之外，朱载坖也明确的说明，如果卫拉特部不接受这个条件，那朱载坖就会继续派李成梁给卫拉特各部搬家，李成梁这个名字，现在蒙古人耳中如同恶魔，不管是土蛮还是土默特部，还有现在的卫拉特四部，都曾是李成梁海扁的对象，对于他，蒙古人是十分畏惧的。

而土默特部也在劝说卫拉特四部，尤其是和硕特部，他们已经失去了乌鲁木齐的住牧地，现在准噶尔部也被官军从伊犁河谷给赶了出来，都是没有住牧地的情况，一旦瓦剌三部联合起来消灭和硕特部，这并非不可能的事情，这点也确实和硕特部酋长们所担心的事情，同时通过连续的战争，卫拉特四部也看到和大明正面对抗是绝对没有好处的，所以最终以和硕特部为首的卫拉特四部和大明还是达成了封贡和议。

根据张学颜和卫拉特部使臣所达成的协议，卫拉特四部向大明称臣纳贡，向大明皇帝上九白之贡，同时承认顺义王是蒙古共主，大明皇帝册封卫拉特部首领为忠义郡王，其余各部落首领，按照部落大小，各授予从都督佥事到千户不等的职务。

同时大明在科布多派驻办事大臣，修筑城池，派遣官军驻守，和卫拉特四部通贡贸易，卫拉特四部是大明的属夷，从阿尔泰山、额尔齐斯河以西、以北都是卫拉特四部的住牧地域，而在卫拉特四部遭遇侵略的时候，大明也要出兵予以援助，而大明在征战的时候，也可以从卫拉特四部抽调兵力，但是要比照官军士卒给予军饷，同时对于卫拉特士卒所获取的军功，大明也要予以赏赐，卫拉特四部为大明守卫西北边陲，同时大明通过赏赐、通贡贸易等方式对于卫拉特四部加以接济。

总的来说，这份条约对于大明来说也算是有利，同时也使得卫拉特四部有了合法的住牧地，至于伊犁河谷，那是朝廷重点屯垦的地方，自然是不能给蒙古人的，但是大明可以在粮食上对于卫拉特部予以接济，同时在土默特部、大明和和硕特部已经格鲁派活佛的见证下，还签署了一份密约。

密约的主要内容就是和硕特部向大明输诚，换取大明支持和硕特部成为卫拉特部的首领，大明扶持和硕特部成为卫拉特部首领，承认和硕特部对于卫拉特四部的领导，同时和硕特部首领的子弟送大明国子监学习，等到成年之后再回到部落中去，大明在科布多也要开办学堂，教授蒙古人汉语、汉字等。

在达成了这些协议之后，和硕特部代表卫拉特四部向大明上九百之贡，以示臣服，同时朝廷也谕令李成梁放准噶尔残部离开，不再予以追击，之前被服的准噶尔首领，解送京师，予以正法，朱载坖明发上谕，承认和硕特部为卫拉特四部首领，同时选定科布多办事大臣，设立科布多五卫，在科布多等地修筑城池，屯垦戍卫，同时将部分迁移到西北的女真人也安置到这里，加强朝廷对于西北的控制。

至此，西域北路已经抵定，接下来就是南路的问题，叶尔羌汗国毕竟是个国家，所以必须予以消灭才行，根据参谋军务总署的命令，李成梁统帅西域北路的朝廷骑兵兵团南下，自伊宁南下