身为大汗的林丹汗只能控制辽河流域的察哈尔部（分为浩齐特、奈曼、克什克腾、乌珠穆沁、苏尼特、敖汉、阿喇克卓特和主锡惕八个鄂托克），因为察哈尔王统的余威，算是勉强被大多数部落遥尊为共主。

这就和现在的局势基本一致了，匈奴人虽然曾经是草原共主，但是如今区区刘豹想要成为匈奴单于，草原霸主，其他部族也不会给他面子的。

遥尊显然满足不了林丹汗的雄心，有志于天下的他，急欲恢复祖上的荣光，开始强力打压、收拢各部势力。

“南朝只一大明皇帝，北边只我一人，何得处处成王？我当先处内，后处外”。

也算林丹汗倒霉，就在他的雄心不断升腾之际，白山黑水之间崛起了一支势不可挡的势力，女真人的后金政权。

努尔哈赤的视线可从来没局限在东北一隅，在长期和蒙古人交往的过程中，他深刻洞悉了蒙古各部离散的现状和倾向。

“蒙古之人，犹此云然，云合则致雨，蒙古部落合则成兵，其散犹云收雨止也；俟其散时，我当而躡取之。”

另外，搞定蒙古人也是南下攻明的必然举措之一，至少，在名义上蒙古各部还是大明的盟友，虽然是花钱买来的盟友（“市赏”）。

对于没多少兵力的后金来说，如果倾全力南下，万一蒙古人在侧后来个黑虎掏心，还真不太好办。

这一点，各时期的女真领袖都有清醒的认识，就如皇太极所言“取燕京如伐大树，须先从两旁斫削，则大树自仆”。

因此，女真人挖蒙古人墙角的铁锹从来就没停过，在努尔哈赤称汗前，科尔沁、内喀尔喀等部便与后金达成了联姻关系。

而林丹汗却始终处理不好，察哈尔部和漠南蒙古各部的关系。但在这段时间里，蒙古各部在明朝“市赏”的鼓励下，还是和后金比划过几下，但结果都是蒙古大败。

在后金强大的压力下，漠南蒙古左翼纷纷投向了后金，走投无路的林丹汗，被迫率领数万部众离开辽河故地，西征漠南蒙古右翼。

在林丹汗西征的路上，蒙古右翼诸部都遭受到了攻击；林丹汗痛击土默特部，不但将其老巢归化城占领，还征服了鄂尔多斯部。

但占据了土默特部和鄂尔多斯部属地的林丹汗日子并不好过，明史记载“其畜牧匮乏，加之塞外霜早，颗粒无收兼厉疫盛行”。

虽然察哈尔部实力受损，但这点实力揍明朝还是足够了的。

明王朝崇祯皇帝登基；这位死社稷的皇帝上台后，听说明王朝居然需要花钱卖太平，当时就怒了，不但“尽革其赏”，还把林丹汗派去要钱的使臣给杀了。

察哈尔破边而入，杀死明朝军民数万人，差点夺大同城；这时崇祯才发现，自己真玩不过蒙古人，无奈之下捏着鼻子恢复了“市赏”。

这时，东边的皇太极觉得林丹汗早晚是个祸害，他召集蒙古各部会盟于西拉木伦河畔；蒙古科尔沁、扎鲁特、巴林、奈曼、敖汉、喀喇沁（哈喇慎）、土默特、阿鲁科尔沁、翁牛特、阿苏特等部的首领都汇集在他的麾下，集兵10万一起西征林丹汗。

林丹汗得到消息后，无奈南逃；皇太极分兵三路穷追41天，五月下旬进驻归化城，在得知林丹汗已渡黄河而去后，才停住了脚步。

仓皇西逃的过程中，察哈尔部众大量逃散，皇太极收拢的遗部便有数万人之多。

林丹汗带着部众进入河西走廊，准备翻越祁连山进入青海，与盘踞在青海的却图汗汇合，向西南拓展。但在行至青海大草滩时，林丹汗因罹患天花去世。

他的去世，导致蒙古察哈尔部落战略方向发生逆转。

林丹汗的儿子不愿在相对艰苦的青海地区开拓，转而率部掉头回到了河套地区。

皇太极得知察哈尔部回归河套，马上派