作物最明显的变化，则是以玉米、甘薯为代表引进的农作物，全面改变了原来的农作物种植结构与组合形式。

玉米在明朝中叶辗转传入我国，但传入我国的过程很复杂，一般认为有三条传播路径。其中一条由阿拉伯商人经西亚至中亚，然后进入我国西北，再传入内地另一条则由欧洲经西亚、中亚、印度、缅甸后传至我国西南，第三条则是南洋商人经菲律宾传至我国东南沿海。

由于玉米的传播路径很复杂，在传播的过程中各地都形成了自己的名称，如玉蜀黍、玉高粱、西番麦、玉米、玉蜀秫、戎菽、御米、包谷、陆谷、西天麦、玉麦、印度粟、珍珠米、苞米、棒子等，这些不同的名称既反映了玉米的形状特征，也表达了它的使用价值。

不负众望，到清朝时，完全本土化的玉米终于成为了我国重要的主食之一！

甘薯在我国农业发展史上具有与玉米同等的地位，特别在南方山区意义尤其重大。甘薯传入我国时间与玉米相近，约在明朝中期。

甘薯传入之前，本土就存在野生山薯，与外来的甘薯比较，“番薯为甘，山薯为劣”，土生甘薯品质上的不足，为外来品种的传入创造了条件。

明人何乔远在《闽书》中记道:“番薯，万历中闽人得之于外国，瘠土砂砾之地，皆可以种。”

何乔远文中所记即指福建长乐人陈振龙引进甘薯之事，当时为万历二十一年。但陈振龙并不是最早将甘薯引进中国之人，实际上在此之前，甘薯已经传入广东。

《东莞风岗陈氏族谱》记载东莞人陈益将甘薯引进中国的过程。陈益引进甘薯应在万历十年，在时间上早于陈振龙十余年。

总的来看广东与福建都应是甘薯在我国的最早登陆地，并以此为根基逐渐由东南沿海一线向内地传播，除东南沿海一路外，甘薯传播路径还由緬甸、云南一线形成西南陆路，通过这条路径传入甘薯也应该在万历年间。

后世甘薯与玉米并行，逐渐取代传统粮食作物的原因，仍是甘薯对环境的适应性较强，“不与五谷争地，凡瘠卤沙冈皆可以长”，“地之不宜耕稼者唯种甘薯”，田间管理也比较简单，按时播种、收获”，就能“供一岁之需”。老幼皆可以食，饥焉得充，多焉而不伤，茎叶还能充作鸡犬之食。

由于这样的原因甘薯开始在全国各地传播，但由于古代的地理交通条件，又没有朝廷的重视和大规模推广以及后续培养合适的种子，加上关外鞑子打秋风，天灾人祸小冰期，以及日益紧张的土地兼并下，老朱家终于是将一手好牌打的稀烂。

明朝万历时期，天降猛男张居正，看清了此时正在走下坡路的明王朝，在他在担任首辅后便欲革除弊政，瞄上了由桂萼在嘉靖十年（1530）提出的“一条鞭法”。

张居正在万历六年（1578）下令清丈全国土地，清查溢额脱漏，并限三年完成。结果国家掌握的纳税田亩数达七百一万三千九百七十六顷，比弘治时征税田额增三百万顷。在这个基础上，最终张居正于万历九年（1581）采用一条鞭法，作为全国通行的制度

一条鞭法的实行，增加了政府的财政收入，缓解了经济危机，缓和了政治危机，减轻了人民的负担，也给处于走下坡路的明王朝一线曙光。

但万历十年（1582年）张居正病死后，一条鞭法失去了最有力的支持者，与秦国商君人亡政未熄的结果不同，万历皇帝朱翊钧早已耿耿于张居正的震主之威。

张居正当国十年，所揽之权是神宗的大权，这是张居正效国革新的需要，但他的当权便是神宗的失位。在权力上面，张居正和神宗天然对立。

万历皇帝在张居正死后，下令抄其家，并削尽其宫秩，迫夺生前所赐玺书、四代诰命，以罪状示天下，而且险遭鞭尸，连家人都未幸免。同时下诏书大骂已